2011年末，亦庄镇共有各级各类医疗卫生机构1个。病床69张，每千人拥有医疗床位2.6张，固定资产总值1715万元。专业卫生人员214人，其中执业医师60人，执业助理医师32人，注册护士75人，平均每千人拥有卫生技术人员8人。2011年，医疗机构完成诊疗43万人次（含健康体检），住院手术700台次，出院病人1196人次。
2011年，亦庄镇法定报告传染病发病635人。孕产妇死亡0人。5岁以下儿童死亡2人，其中婴儿死亡1人，新生儿死亡1人。
